抚养费两年后还能申请强制执行，因为子女起诉父母索要抚养费的行为不受诉讼时效限制。法律规定，请求支付抚养费、赡养费或者扶养费不适用诉讼时效的规定，当父母一方或者父母双方不履行抚养义务，不支付抚养费时，孩子可以随时向支付抚养费的一方主张抚养费。
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抚养费的执行申请可以按照民事诉讼法规定：发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
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在第一次申请强制执行未执行完毕或未执行到财产的情况下，按程序需要中止或终止执行，之后发现被执行人财产或财产线索时，需要第二次申请，第二次申请是恢复上一次的执行。