对离婚且有两个孩子都不愿跟随母亲的情况，关键是要妥善处理孩子的抚养权问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚时应签订包含子女抚养等事项的协议。若通过诉讼方式离婚，法院将基于子女最大利益原则进行抚养权判决。
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离婚时，若两个孩子均不愿意跟随母亲，抚养权的确定可以通过协商或诉讼进行。协商不成时，可寻求法律途径，法院会根据双方具体情况以及最有利于孩子的原则来做出判决。在决定抚养权时，会考虑双方的抚养条件以及孩子的意愿。
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针对离婚时两个孩子都不愿意跟妈妈的情况，处理方式需根据具体情况而定。双方可先尝试协商抚养权问题，如能达成协议，则可签订书面离婚协议并申请离婚登记。若协商无果，则可选择诉讼离婚，法院将依据相关法律规定以及子女的最大利益进行判决。同时，务必确保孩子的身心健康和成长环境的稳定。