如果公司以扣发奖金或工资作为威胁，阻止员工辞职，这是违法的。根据《中华人民共和国劳动法》第三十一条，劳动者有解除劳动合同的权利，公司无权以此类方式阻止。员工可以依法提出辞职，并保留好相关证据，如辞职信、邮件记录等。若公司扣发奖金或工资，员工有权向劳动监察部门投诉，并依法追究公司的法律责任。
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员工提出辞职后，公司应依法处理离职手续。具体操作为：1.确认员工辞职信的有效性，了解辞职原因；2.与员工协商确定最后工作日及交接事宜；3.办理离职结算，包括工资、奖金、加班费等；4.归还员工个人物品，如工作证、门禁卡等；5.出具离职证明，协助员工办理社保、公积金转移等手续。
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从法律角度，员工辞职后，公司以下行为是违法的：1.拒绝接受员工的辞职申请；2.扣发或拖欠员工工资、奖金等劳动报酬；3.拒绝为员工办理离职手续，如社保、公积金转移等；4.以任何形式威胁、恐吓或报复员工。员工遇到此类情况，应依法维权，向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。