综合执法有权利扣营运车，但需视具体情况而定。轻微事故达成和解可不扣车，依据《道路交通事故处理程序规定》。其他事故则需扣留配合调查，处理完毕后方可放车，依据同上。未及时处理可能影响车辆正常运营。
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综合执法扣营运车常见处理方式为：轻微事故快速和解，避免扣车；其他事故积极配合调查，尽快处理事故。选择处理方式时，应考虑事故严重程度及配合调查的便利性，轻微事故优先和解，严重事故则需重视并配合处理。
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综合执法扣车处理如下：1. 轻微事故时，双方和解后不扣车，可直接处理事故后续；2. 一般事故时，需扣留车辆配合事故调查，包括提供事故证明、车辆信息等；3. 严重事故或涉及法律责任时，需等待事故处理完毕，在《交通事故处理意见书》签字确认后放车，并可能涉及赔偿事宜。