需要交耕地占用税。依据《耕地占用税法》，设施农业用地若属非农业建设占用耕地，则需缴税。不及时缴纳可能影响土地使用合法性及面临税务处罚。
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需分情况处理。1.若设施农业用地未改变耕地用途，属农业内部调整，不缴税；2.若改变为非农业建设占用，如建房等，则需缴纳耕地占用税，操作流程包括申报、审核、缴税；3.未及时缴纳将面临税务部门处罚，并可能影响土地使用的合法性。
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常见处理方式为确认用地性质后依法纳税。若属农业内部结构调整自行转为设施农业用地，则不需缴税；若为非农业建设占用，则应按规定缴纳耕地占用税。具体处理方式需依据实际情况选择。